Program Inovasi yang telah berjalan di Puskesmas Bungi diantaranya :
- LIMA PANDAWA ( Layanan Informasi dan Aduan Pasien dengan Gangguan Jiwa ) Tahun 2018
- LARI DITAMAN SEHAT ( Pelacakan, Pemeriksaan, Penyemprotan, dan Pemantauan Kesehatan Perantau ) Tahun 2019
- PERAS MADU DISEKOLAH ( Program Skreening Mata Terpadu di Sekolah ) Tahun 2020
- KABAR TB ( Masyarakat Berantas TB ) Tahun 2021